A HUNATiP az EU akvakultúra szektorához elsősorban az EATiP-en keresztül kapcsolódik, mint az EATiP magyar tükörplatformja. Az EATiP tükörplatformjaival együtt az akvakultúra innovációjának területén szoros kapcsolatban áll a FEAP-al és az Európai Bizottsággal, így aktívan részt vesz az EU szakpolitikájának alakításában, akvakultúra fejlesztési programok és stratégiák előkészítésében és végrehajtásában. 

A magyar kapcsolatokat illetően a HUNATiP a hazai halgazdálkodás olyan innovációs platformjává válik, amelyik részben tagjai, részben partnerei révén meghatározó szerepet játszik ágazati innovációs stratégiák, programok és projektek előkészítésében és végrehajtásában. A HUNATiP kiemelt partnere a Magyar Akvakultúra és Halászati Szakmaközi Szervezet, MA-HAL és a Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem, MATE, amelynek szervezetébe integrálódott a hazai halászati és akvakultúra kutatás központi intézménye a HAKI. A szakirányítás részéről fontos partner az Agrárminisztérium, AM illetve a HUNATiP -nek van egy kelet európai „összekötő” szerepe is a Közép és Kelet Európai Akvakultúra Központok Hálózata, a NACEE partnerség révén. 

A HUNATiP szervezeti kapcsolatait az alábbi ábra szemlélteti: